가. 사건의 배경

이 사건은 양도소득세 과세표준의 산출기초가 되는 기준시가의 결정을 대통령령에 위임한 소득세법 제60조가 과세표준산정의 포괄적 위임으로서 헌법 제59조의 조세법률주의에 위배되므로 헌법에 합치되지 아니한다고 결정한 사건이다.
구 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제23조 제4항은 자산의 양도가액은 그 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다고 하면서 동법 제45조 제1항 제1호는 자산의 양도가액에서 공제할 필요경비로서의 취득가액은 당해 자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액으로 하되 대통령령이 정한 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다고 규정하고 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제23조 제4항 제1호는 자산의 양도가액은 그 자산의 양도당시의 기준시가로 한다고 하면서 동법 제45조 제1항 제1호 가목은 이 양도가액에서 공제할 필요경비로서의 취득가액은 당해 자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액으로 하되 대통령령이 정한 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다고 규정하였다. 그리고 구 소득세법(1978. 12. 5. 법률 제3098호로 개정된 후 1994. 12. 22. 법률 제4803호 개정되기 전의 것) 제60조는 동법 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호에서 정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있었다.
청구인들은 관할 세무서장이 내린 양도소득세부과처분에 대하여 취소청구소송을 제기하고 그 소송의 계속중 법원에 위 구 소득세법의 규정들에 대하여 위헌법률심판제청을 신청하였으나 기각되자 헌법재판소법 제68조 제2항에 의거하여 헌법소원심판을 청구하였다.

나. 결정의 주요내용

헌법재판소는 다음과 같이 구 소득세법 제23조 제4항, 제45조 제1항 제1호와 구 소득세법 제23조 제4항 제1호, 제45조 제1항 제1호 가목은 헌법에 위반되지 아니하고 동법 제60조는 헌법에 합치하지 아니한다는 결정을 하였다.
구 소득세법 제23조 제4항, 제45조 제1항 제1호와 구 소득세법 제23조 제4항 제1호, 제45조 제1항 제1호 가목은 양도소득세의 과세표준 산정에 있어서 기준시가 과세원칙을 채택한 데에는 합리적인 이유가 있을 뿐만 아니라 납세의무자가 실지거래가액에 의하여 납세할 수 있는 길을 열어 놓고 있으므로 그것이 비록 다른 종목의 조세 등과 그 내용을 달리하여 국세기본법상의 실질과세원칙과 근거과세원칙이나 소득세법상의 일반적인 체계에 비추어 예외적인 것이라 하더라도 그러한 사유만으로는 위 법률조항이 조세평등주의 또는 실질적 조세법률주의에 위배된다거나 헌법의 기본권 제한에 관한 과잉제한금지원칙에 반하는 것이라고 할 수 없다.
구 소득세법 제60조는 기준시가의 내용 자체에 관한 기준이나 한계는 물론 내용결정을 위한 절차조차도 규정함이 없이 기준시가의 내용 및 그 결정절차를 전적으로 대통령령이 정하는 바에 의하도록 하였는데 이는 어떤 사정을 고려하여 어떤 내용으로, 어떤 절차를 거쳐 양도소득세 납세의무의 중요한 사항 내지 본질적 내용인 기준시가를 결정할 것인가에 관하여 과세권자에게 지나치게 광범한 재량의 여지를 부여함으로써 국민으로 하여금 소득세법만 가지고서는 양도소득세 납세의무의 존부 및 범위에 관하여 개략적으로나마 이를 예측하는 것조차 불가능하게 하고 나아가 대통령을 포함한 행정권의 자의적인 행정입법권 및 과세처분권 행사에 의하여 국민의 재산권이 침해될 여지를 남김으로써 국민의 경제생활에서의 법적 안정성을 현저히 해친 입법으로서 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 규정한 헌법의 취지에 반한다고 할 것이다.
다만 구 소득세법 제60조에 대하여 단순위헌결정을 선고하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 기준시가에 의한 양도소득세를 부과할 수 없게 됨은 물론 동조의 위임에 근거한 소득세법시행령 제115조를 인용하고 있는 구 법인세법시행령 제124조의2 제8항 등도 이를 시행할 수 없게 되는 등 법적 공백상태를 야기하게 되고 이에 따라 조세수입을 감소시키고 국가재정에 상당한 영향을 줌과 아울러 이미 이 조항에 따른 양도소득세를 납부한 납세의무자들과 사이에 형평에 어긋나는 결과를 초래하는데다가, 위 법률조항의 위헌성은 국회에서 법률로 제정하지 아니한 입법형식의 잘못에 기인하는 것으로서 이를 한시적으로 계속 적용한다고 하더라도 그것이 반드시 구체적 타당성을 크게 해쳐 정의와 형평 등 헌법적 이념에 심히 배치되는 것이라고는 생각되지 아니하고 더욱이 이 사건의 경우에는 1994년 12월 22일 법률 제4803호로 헌법에 합치하는 내용의 개정입법이 이미 행하여져 위헌조항이 합헌적으로 개정되어 시행되고 있으므로 단순위헌결정을 하지 아니하고 헌법에 합치하지 아니한다고 결정한다.

다. 사후경과

위 결정에서는 구 소득세법 제60조 대신 개정법률을 적용하라고 선고하고 있는데 동 법조는 소득세법개정법률(1994. 12. 22. 제4803호)에서 기준시가의 산정내용을 구체적으로 규정하고 있는 제99조로 대체되었으며 동조 제1항 제1호 가목은 토지의 기준시가는 지가공시및토지등의평가에관한법률의 규정에 의한 공시지가 및 시장·군수·구청장이 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가로 한다고 규정하고 있다. 다만 공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고 지가가 급등하는 지역으로서 대통령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다고 규정하고 있다.
그런데 이 법조항은 구 소득세법 당시의 시행령 제115조를 옮겨 규정한 것에 불과하여 1990년 9월 1일 이전에 토지의 취득 또는 양도가 이루어진 경우에는 개별공시지가제도 자체가 없어서 그 적용이 불가능하다는 문제점을 안고 있었다.
이 결정이 있은 이후 대법원은 1997년 3월 28일 96누11068 판결에서 헌법재판소가 구 소득세법 제60조에 대하여 헌법불합치결정을 한 것은 개정법령의 시행일 전에 종전의 법령을 적용하여 한 부과처분은 그대로 유지시키고 또 그 시행일 전에 과세할 소득세에 대해서도 종전의 법령을 적용함이 옳다는 판단에서 나온 것이 분명하며 또 위 결정 이유에서 개정법률의 소급적용을 설시하고 있으나 이를 소급적용할 법리상 근거도 없다는 점 등을 들어 위 헌법불합치결정은 그 위헌성이 제거된 개정법률이 시행되기 전까지는 구 소득세법 제60조를 그대로 잠정 적용하는 것을 허용하는 취지의 결정이라고 보아야 한다고 판결하였다. 그러나 이에 대하여는 대법원이 입법자의 보완조치를 기다려 재판하든지 개정법률 적용으로 법적 공백 발생시 후속 개정법률을 적용하고 그래도 법적 공백이 발생할 경우 예외적으로 종전법률을 적용하거나 유추적용과 같은 법해석적 보완으로 문제를 해결하였어야 하지 않나하는 의문이 제기된다.